Hola, javier.

Dependerá de la naturaleza de la cuenta. Si simplemente es una cuenta instrumental que utilizas única y exclusivamente para pagar las cuotas del préstamo, el banco no te puede cambiar sus condiciones. En concreto, no puede cobrarte comisiones por esa cuenta si antes no lo hacía ni puede subirte la comisión de mantenimiento que ya tenga, si la tiene. Lo explica el Banco de España en esta página.

En cambio, si la cuenta la utilizas para otros fines, además de para pagar el préstamo (para domiciliar la nómina o recibos, por ejemplo), el banco sí puede modificar sus condiciones si lo permite el contrato de la cuenta.

Esperamos haber resuelto tu duda.

Un saludo.