Hola, Ana.
Entendemos que lo correcto sería regularizar ese dinero antes de usarlo para pagar la entrada de la vivienda. Ahora bien, como no somos expertos en temas legales, consideramos que lo más aconsejable es que traslades tu consulta a un notario (tienes derecho a que te asesore gratuitamente). Este profesional te indicará si puedes realizar ese pago y qué consecuencias puede tener pagar con dinero no justificado.
Un saludo.