Hola, Maggi60.
Dependerá de lo que ponga en tu escritura. En algunos casos, cuando se ponen dos viviendas como garantía, se especifica qué porcentaje de la hipoteca recae sobre cada una y, una vez pagada esa parte, se libera la carga sobre ese inmueble.
En otros casos no se especifica por lo que, si es tu caso, deberás pactar una novación con tu banco para que cambie la escritura y libere de cargas la vivienda que quieres vender. Eso sí, ten presente que el banco no tiene obligación de aceptar la novación, por lo que es probable que tengas que negociar.
Un saludo.