Hola, jose viera.
Lo primero que debes saber es que solo pueden beneficiarse de la deducción por inversión en vivienda habitual aquellos que adquirieron una vivienda antes de 2013. Si es tu caso, puedes aplicar la deducción tanto si amortizas como si no, teniendo en cuenta que la base máxima sobre la que se puede aplicar la deducción son 9.040 euros al año (sin un mínimo).
En cuanto a si vale la pena amortizar, la respuesta es que sí, siempre que dispongas de ahorros para hacerlo, puesto que la amortización no solo te permitirá aprovecharte de la deducción sino que, al acortar el capital pendiente, pagarás menos intereses.
Un saludo y gracias por utilizar el comparador de hipotecas de HelpMyCash.com.