Hola, vice.
Según el Banco de España, las entidades financieras no pueden cobrar una comisión por la simple emisión de un certificado de cancelación económica de la deuda. En cambio, sí pueden cobrarte por realizar todos los trámites de cancelación, aunque estas gestiones las puedes hacer tú para ahorrarte el coste del servicio.
Si la comisión sí te la cobran por emitir el certificado de deuda, puedes poner una reclamación al servicio de atención al cliente de la entidad. En la guía "Cómo reclamar a un banco" encontrarás los pasos a seguir.
Un saludo.